二○○八年三月總統大選，
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，藍綠激烈對決，
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，連領先的馬蕭陣營也不敢掉以輕心。但選前倒數兩個月，
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，台南麻豆竟然考古挖出了一具完整的馬匹殘骸！
中研院研究員劉益昌回憶，
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，「老實說，
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，我也嚇了一大跳，
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，但考古就是科學，
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，講求的是實證，這匹被推定約為清朝年間的官馬殘骸，因為水崛頭的湧泉溼度，保存得相當完整。照理說，這是考古的一大躍進！外界一定會廣為報導，但為避免牽動敏感的政治氣氛，我選擇低調沉默，繼續進行著後續挖掘工程。」
劉益昌之所以封口，其來有自。
文史工作者梁茂榮說，打從一出生，鄉里父老就口耳相傳，南勢里的水崛頭湧泉，百年來活水不斷，是個地靈人傑的「龍地鳳池」；加上清乾隆年間，有地理師上奏，斷言麻豆有誕生帝王的吉兆，「加上兩千年大選，台南出身的阿扁果然選上總統；八年後，又挖出一匹馬，大家當然又會議論紛紛……」
劉益昌的謹慎低調，讓考古還原考古，歷史仍是歷史，沒有因政治而遭到有色眼鏡觀看。麻豆港的遺址得以完整呈現，更成了全台一百八十多座古港中，唯一可於陸地上肉眼可見，其他古港皆已在地理變化後消失。
二○○三年到二○○八年，劉益昌除了繼續研究熱蘭遮城、西寮遺址外，也同步接下麻豆港的考古工程，挖出了兩層的古碼頭遺跡，出土的文物則包括清朝銅錢、青花瓷、罕見的新石器時代晚期青銅箭頭、種子、裝水果竹簍、神像、透明水晶球等，以及一匹保存完整的清朝官馬骨骸。
「麻豆港的重生，不是要挖來開船使用，而是要成為大家認識歷史、了解土地的方式！」劉益昌堅持，出土文物讓今人得以穿越時空，一窺昔日荷蘭人、漢人與平埔族的互動，以及十七世紀的這一百年對台灣的重大意義。，