內政部月初認定美麗灣渡假村屬於實質違建，
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，要求台東縣府說明處理方向。縣府近期回函內政部，
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，強調依法行政，
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，不會撤銷美麗灣建照，
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，「雖然各方面對法院判決的認知都不同，
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，但縣府會在合法範圍內，
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，選擇對縣民最有利的方案。」
本月1日，
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，內政部發文給台東縣府，
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，指最高行政法院撤銷環評已經定讞，建照當然也連帶無效，因此美麗灣應視為實質違建，要求縣府說明今後處理方向。
縣府召集環保、建設等單位討論，同時參考外界意見，回函內政部，依然決定不撤銷美麗灣建照，短期內也不會拆除美麗灣。
美麗灣土地在環評法實施前，就已編定為遊憩區建築用地，縣長黃健庭曾公開強調「沒有實質違建問題」，縣府也認為政府獎勵民間經營海水浴場，具有公益目的，也遠大於撤銷建照和拆除建物的爭議。
縣府表示，美麗灣渡假村公司以BOT方式向縣府申請開發，最初僅申請小於1公頃的開發面積建照，後來擴大全區面積近6公頃，最初的開發地點即現在的旅館區，不須環評，94年10月取得建照動工。
環境保護聯盟96年8月針對旅館開發範圍，向行政法院提出訴訟。縣府解釋說，環盟興訟的目標是首張建照，但後來美麗灣改變經營計畫，95年9月開始環境影響評估，97年6月通過，發給全區面積建照，因環盟針對的建照當時已失效。
縣府表示，此後環保團體興訟，都是針對最初的開發範圍及建照，但開發計畫早已變更，最早核發的建照也已失效，而且法院也未判決縣府該怎麼做，只要求停止開發，縣府也照辦，「只是第2張建照涵蓋第1張的範圍，目前仍然合法，沒有撤銷的理由。」，