特偵組偵辦林益世案查扣高達數千萬元的現金，
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，現金如被法官認為是貪汙所得確定，
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，未來需入國庫充公；林益世在偵查過程中辯稱只犯詐欺，
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，而堅不供認涉及貪汙，
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，未來法院審理時如依林的辯解發展，
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，所查扣錢不是還給林家，
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，就是還給被害人，
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，如此林益世可在審判中復活。
林目前只坦承部分犯行，並意圖辯稱犯的是刑度低的詐欺罪。法界擔憂，如特偵組起訴貪汙罪被推翻，林益世被判無罪，或是果然依林益想法只依詐欺罪判罪，則前者扣案數千萬元會如數奉還林家，後者還給詐欺案的「被害人」陳啟祥，兩者皆非特偵組所樂見。這些謎題，都得看特偵組端出起訴資料如何。
偵查林益世案特偵組發動數波偵查，林母沈若蘭繳出的1800 萬元現金已被掌握，不過，外界懷疑，特偵組扣案現金超過林益世向陳啟祥索賄的6300萬元，且版本不一。傳聞檢方扣案現金為5800萬元、6800萬元、7500萬元的都有，甚至有人指稱贓款逾億。
特偵組僅表示，「林益世案的扣案現金有數千萬元，承租4個大型保管箱擺放」，但拒絕證實確實數字。法界推測，檢方不證實的理由不外二個，一是基於偵查不公開不能透露，實則是錢多到檢察官也無法認定是否為贓款，公布會徒增結案的壓力。
林益世貪汙案至少已牽連其母親沈若蘭、妻子彭愛佳淪為洗錢等罪被告，過去檢察官偵查犯罪習於將貪汙案罪為偵查要務，忽略犯罪所得的查扣，導致被告入獄，犯罪所得難追償，不算是完全執法。
近年來幾件受矚目案件如「巴紐案」、「泛扁案」等乃至於今年發生的「雨衣大盜」案，檢察官已注意到這個問題會傷害司法觀瞻，在偵查階段一面辦案即一面追緝贓款，林益世案亦不例外。綜合各方訊息，特偵組至少已將其索賄金額6300 萬元「相稱」的贓款扣案。，