中研院法研所副研究員黃國昌指出，
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，行政院版本的兩岸協議監督條例草案，
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，其中關於「重啟協商」的設計，
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，只能包裹表決，
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，不是全部通過，
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，就是全部不通過，相較於民間版草案，「行政院版本才是把自己手腳綁得死死的。」
黃國昌表示，依政院版，最後就是包裹表決，只有「yes or no」，無法經由局部、細部的修正，或附加條件情況下，跟對方重啟協商，還有通過的可能性。這樣不符合國會可以實質參與監督的立法原則，另一方面，也更容易整本被否決。
黃國昌說，行政院版本的草案，在協議簽署前，行政部門只需向國會報告、說明，而事後又只能包裹表決。這樣只是把現在服貿簽訂過程所引發的爭議，予以法制化，這是令人無法接受的事情。
黃國昌指出，一九九七年，當時擔任行政院長的蕭萬長所提出的版本，在最後國會審議的過程中，給予國會提出修正建議或附款的可能性，行政部門依照國會所提出的修正意見或附款，有重啟協商的義務。現在行政院的版本，比蕭萬長提出的更加保守。
黃國昌說，民間版草案希望賦予一個修正意見的可能性，立法院反映人民意見、提出修正建議，行政部門按照這些建議重啟談判，若對方接受，還是有可能簽訂協議。
黃國昌指出，關於重啟協商，行政院版本只有兩個選項，若國會不同意，只能全盤否決，相較之下，民間版草案來得更為務實而有彈性，同時也比較符合民主的理念。
民間版草案含有「溯及既往」條款，若通過民間版草案，已簽署的兩岸協議須重送國會審議。黃國昌說，過去兩岸所簽訂的協議，都未經必要的民主程序，「溯及既往」條款，希望給過去已簽署的協議再一次機會，取得民主的正當性。
不過，黃國昌也說，民間團體從來沒有堅持過草案條文一個字都不能改，是否要堅持「溯及既往」條款，事實上，還是有討論的空間。 ※延伸閱讀》
‧兩岸協議監督條例 政院版vs.民間版
‧兩岸協議處理及監督條例全文，