為整頓財團法人變成避稅工具現象，
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，財政部利用這次提出的股利稅改方案，
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，提案修法刪除財團法人等機關、團體的股利不計入所得課稅規定，
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，以降低藉財團法人租稅規畫誘因，
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，防堵規避稅負，
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，投資股票較多的醫療財團法人受影響最大。根據今年四月行政院會通過醫療法修正案時衛福部的資料，
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，營運中的醫療財團法人有五十三家，
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，淨值合計五千多億元，
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，其中規模最大的前三家，依序是長庚醫院三千多億元、慈濟醫院三百多億元、亞東醫院兩百多億元。至於全國財團法人家數，初估至少上千家、規模上兆元以上。這次所得稅法修正後，所有財團法人都將受到影響。行政院會明天將討論稅改法案，官員透露，這次所得稅法修正，除訂定股利所得課稅新制、提高營所稅、降低綜所稅、提高扣除額等，另一項修法重點，就是將財團法人等機關、團體的股利所得，從原本的免計入所得課稅，改為必須計入所得課稅。這項修法對財團法人影響重大，官員表示，不符免稅標準的財團法人，以後股利所得必須課稅，除了稅負增加，也降低藉財團法人租稅規畫的誘因。官員表示，根據行政院訂定的「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」，財團法人必須符合相關規定，例如用於公益等與創設目的有關的支出，不低基金每年孳息及其他各項收入百分之六十等，才能享有免稅。官員表示，財團法人藉公益之名、行規避稅負之實，時有所聞，每年國稅局定期查核時，若發現不符免稅規定者，會要求依法課稅，但因為股利所得不計入，因此補繳稅額有限；未來股利要課稅後，要補繳的稅將更多，對有意規避稅負者，將產生有嚇阻作用。財政部官員說明，這項修法是為了讓稅制更合理化，因財團法人等機關、團體，依規定是不能分配盈餘，不像一般營利事業可分配盈餘、會有重複課稅問題，因此，沒有必要再規定股利所得不計入所得課稅。股利不課稅修法刪除後，是否適用免稅規定則回歸「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」辦理。至於一般營利事業則維持現行規定，這次修法只修改個人利股所得課稅規定。，