太陽花學運雖然不強調台獨，
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，會場也偶而可見中華民國國旗，
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，但兩名學生領袖林飛帆、陳為廷都曾在網路「宣布」支持台獨，
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，在活動退場的聲明中，
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，也嚴詞抨擊馬政府「賣台」，
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，強調台灣人才是島嶼的主人，
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，不願意接受中國的擺布。
退場聲明批評，
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，馬政府上任以來，專斷濫權、破壞法治與人權，造成民主倒退憲政危機，因此學生與公民社團才在危急時刻挺身而出，阻止馬政府強令服貿協議闖關的企圖，徹底凸顯馬政府完全喪失統治正當性，更揭發國共兩黨私下交易，圖利跨海峽的政商資本集團，犧牲大多數人民利益。
聲明強調，從此兩岸間再也不允許密室協商，任何政權也不敢再明目張膽出賣台灣；由於學運引發國際的關注，也徹底宣示台灣人不願受中國擺布的全民意志，也打亂中國、美國甚至日本對台灣問題私相授受的布局，展示台灣人不甘受強權擺布的意志。
對於引發這次學潮的服貿協議爭議，學運學生表示，兩岸協議監督條例必須秉持五大原則：貫徹公民參與、國會監督、人權保障、資訊公開、政府有責。而監督條例的立法，必須確保運動團體提出的「民間版」必須付委；學生也要求在野黨，不能讓行政院版的監督條例草案通過。在條例完成立法之前，不得審查服貿協議。 ※延伸閱讀》
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‧兩岸協議監督條例 政院版
vs.民間版
‧兩岸協議處理及監督條例全文，