蘇花改沿線捕捉到的「台灣管鼻蝠」。 圖／特生中心提供 分享 facebook 農委會特生中心調查蘇花改沿線生態，
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，與原本環評報告落差大。生態界人士直言，
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，開發單位目的就是要開發，
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，委託顧問公司調查，
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，顧問公司要做生意，
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，也很難明目張膽說「當地物種豐富、不宜開發」，
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，加上人力、專業參差不齊，都讓環評生態調查失真成為公開的秘密。環團建議，應改由環保署來發包執行生態調查。開發單位委託工程顧問公司進行生態調查，但工程顧問公司不一定有相關專業人員，常再發包出去給生態顧問公司。有調查員說，大部分生態顧問公司會詳實調查，但交到工程顧問公司後，要如何「呈現」資料非他們所能掌控，有些被認為「不必要」給環評委員過目的生態資料，就可能會被隱蔽。 也有調查員私下說，開發前的環評生態調查，跟開發後的監控調查，「強度、頻率都不同」，環評調查易因時間緊湊或路段有限，沒辦法調查到鉅細彌遺。但還是會合乎環評要求，沒有違規也不是懶怠。台灣蠻野心足生態協會蔡雅瀅律師說，工程顧問公司最後呈現的資料若顯示當地生態豐富，開發單位可能反而無法「過關」，環團多次呼籲改由開發單位繳交「審查基金」給環保署，再由環保署利用這筆基金，篩選合格顧問公司發包生態調查，才能避免顧問公司為討好業主提出假報告。環評委員李培芬認為，若開發單位提供經費，卻不能指定顧問公司也會有爭議，最能解決問題的根本方法是源頭的開發單位「願不願意負起環保責任？」，